anon_ftp: deze map is voor anonymous FTP ofwel anonieme FTP. De optie "anonymous FTP" kan alleen gebruikt worden vanaf het Personal Deluxe pakket. Met anonymous FTP kan iedereen bestanden van een website up- en/of downloaden zonder dat je daar een loginnaam of password voor nodig hebt. Op deze manier kan iedereen snel en gemakkelijk gegevens transporteren. Er zijn allerlei grenzen in te stellen om er bijvoorbeeld voor te zorgen dat bezoekers niet te snel kunnen downloaden of uploaden en dat ze niet teveel kunnen uploaden.

bin: de bin-directory is voor commandline-tools, die bij ingewikkelde scripting soms nodig zijn. Deze bevat momenteel alleen het commando ls. Dit is het commando voor het opvragen van de inhoud van een directory. Je mag niets aan deze directory veranderen.

cgi-bin: de CGI-bin is de directory waarin CGI-scripts geplaatst kunnen worden, die dan gebruikt kunnen worden om dynamische inhoud weer te geven op een website. Ze kunnen uitgevoerd worden via http://www.jouwdomein.com/cgi-bin.

conf: deze directory is voor gebruik door Alphamega. Wij kunnen er bestanden met instellingen van de hosting-account in zetten, bijvoorbeeld vhost.conf. Deze map is niet toegankelijk.

error_docs: hierin staan de bestanden die worden getoond als er een fout optreedt doordat bijvoorbeeld een bestand niet gevonden wordt. Deze bestanden kun je downloaden, wijzigen en opnieuw uploaden, maar je mag niets anders in deze directory zetten.

httpdocs: hierin kun je de bestanden zetten die je op internet beschikbaar wilt stellen. Deze bestanden kunnen op internet gevonden worden via http://www.jouwdomein.com/

httpsdocs: hierin kun je de bestanden zetten die je op internet beschikbaar wilt stellen via een SSL-verbinding. SSL is de afkorting van Secure Sockets Layer. SSL wordt gebruikt om data die tussen twee computers op en neer wordt gestuurd zodanig te versleutelen dat er een beveiligde verbinding ontstaat. Zo kun je vertrouwelijke gegevens uitwisselen over bijvoorbeeld je gezondheid of creditcardgegevens. Deze bestanden kunnen op internet gevonden worden via https://www.jouwdomein.com.

pd: "Protected Directories": Hierin worden de instellingen opgeslagen van beveiligde directories (deze kun je instellen in het Technical Control Panel bij "Directories"). Deze map is niet toegankelijk.

statistics: In deze map worden de webstatistieken ondergebracht. Deze map is niet toegankelijk.

web_users: hier worden de bestanden van zogenaamde "web users" opgeslagen. Web-users kunnen aangemaakt worden in het Technical Control Panel, bij "Web Users". De bestanden van de web-users kunnen door hen geupload worden via hun eigen FTP-gebruikersnaam en wachtwoord, en kunnen op internet bekeken worden via http://www.jouwdomein.com/~username.